办公室
　　负责会机关日常工作的综合协调；负责联系县(市)区工商联和市有关部门(单位)；负责文秘、财务、会务、信息、信访、档案、接待、保密、安全和后勤保障等工作；负责机关办公自动化和综合治理工作；负责人事、机构编制和离退休干部服务工作。
研究室
　　做好参政议政和物质、政治、精神文明建设有关方面的调查研究工作，对非公有制经济发展等提出意见和建议；负责联系会员中市级以上人大代表和政协委员工作；负责国内外工商信息和社情民意的收集、整理和传递工作；承担部分综合性文字工作。
会员部
　　负责发展、管理直属会员和直属组织，负责会员数据库管理工作；负责对县(市)区工商联基层组织工作的指导；负责工商界代表人士政治安排的推荐工作；为会员提供法律咨询、维权服务；管理非公有制企业人员专业技术资格(职称)认定工作；做好非公有制经济代表人士为主的社会团体以及与工商联工作相关的社会团体的工作。 宣传教育部 开展工商界人士的思想政治工作和机关的宣传教育工作；了解和掌握会员和工商界代表人士的思想动态；负责会员和工商界代表人士的教育培训工作；配合有关部门开展非公有制会员企业党、团、工、妇组织建设工作；联系会办学校；负责会刊编辑和市工商联网站管理工作。
经济联络部
　　为会员和社会提供信息及有关服务；组织会员举办、参加各类经贸活动和专业讲座；指导、帮助本系统融资机构开展服务工作；协助民营科技企业的申报评定和科技项目的推荐；协助开展民营企业的质量技术监督；组织会员开展扶贫帮困和参与“光彩事业”；增进与国内外工商社团、工商界人士的联系和友谊，做好友好商会工作；组织会员出国、出境考察和为会员因业务出国、出境出具证明意见。